Az eredeti kertet 1655-ben alapította Olaus Rudbeck, így ez a kert Svédország legrégebbi botanikus kertje. Történetét beárnyékolja az 1702-es uppsalai tűzvész, ami komoly sebeket ejtett a tájon, és a kertet is az elhanyagoltság ösvényeire terelte. Később az egyetem híres professzora, Carl Linnaeus vette gondjaiba, és újratervezte, majd felújította. Munkája annyira sikeres volt, hogy vezetése alatt a világ egyik legkiemelkedőbb botanikus kertjévé vált.
Linnaeus a sokak által ismertebb, nemesi Linné nevet érdemeinek elismeréséül 1757-ben kapta a svéd királytól. Korának egyik legjelentősebb botanikusa és természettudósa volt: a legtöbben az állatoknak és a növényeknek kettős latin névvel történő elnevezése kapcsán ismerik Érdekesség vele kapcsolatban, hogy édesapja, Nils Ingemarsson evangélikus lelkész volt, aki földműves család sarjaként a kor divatját követve latinos hangzású nevet vett fel, és a kertjében álló nagy hárs nevéből született meg a Linnaeus név.
Talán már ez a növényi ihletésű névválasztás is meghatározta a fiatal természettudós életútját, egy azonban bizonyos: az általa új életre keltett Hortus Upsaliensis kertje nemcsak munkája vagy hivatása volt, hanem teljes élete is, amit mi sem bizonyít jobban, mint a terület oldalánál helyet kapó otthona és a későbbi földbirtokai, amelyekkel gyakorlatilag teljes életét egybeolvasztotta a botanikus kert mindennapjaival. „Linné idős korában kis birtokot vett Uppsala közelében, Hammarby-ben, amelyet, hogy a másik hasonnevűtől megkülönböztessék, Linnés Hammarby-nek neveznek. Több faházból álló tanyát épített itt magának, s a kertet különleges virágokkal telepítette be, dolgozószobájának a falát pedig egzotikus növények herbáriumával tapétázta ki. A muzeális tárgyak közt láthatjuk lovagi öltözékét, kalpagját, s nemesi címerét, amelyet kedvenc virágának harangocskái fonnak körül”- olvashatjuk Benedek István leírásaiban.
További érdekesség vele kapcsolatban, és egyben a botanikus kert iránti elköteleződését is jól mutatja, hogy 1741-ben lett az uppsalai egyetemen orvosprofesszora, de alig egy év után a botanikai tanszék professzoraként és a botanikus kert igazgatójaként folytatta munkáját. Az itt töltött évei alatt olyan, több ezer fajból álló kutató és oktató kertet hozott létre, amiben először jelentek meg a még ma is használatos rendszertani bemutató parcellák. A források szerint tanítványait is elküldte a világ minden tájára, hogy értékes leírásaikkal segítsék megismerni a távoli vidékek növénytársulásait is. Ezeket összegezve tudta megalkotni A növények fajait (Species plantarum), aminek első kötetében nem kevesebb, mint 8000 növényfajt írt le.
Linnaeus halála után a fő botanikus kert új helyre költözött, az egykori helyszín kertjei továbbra is az Uppsalai Egyetem tulajdonában vannak, és a ma Linnaeus-kert néven ismert kertet ugyanúgy tartják fenn, ahogyan Linnaeus 1745-ben leírta. A történet szerint Linnaeus halála után tanítványa és utódja, Carl Peter Thunberg elégedetlen lett a Linnaeus-kerttel, mert a Fyris folyó miatt a talaj túl nedves volt bizonyos növényfajok számára, ezért megkereste III. Gusztávot, hogy várának díszkertjében alakítsa ki az Uppsalai Egyetem új botanikus kertjét. Thunberg sikerrel járt, méghozzá nem is akármekkorával: nemcsak a kertet kapta meg, hanem további területeket is, emellett III. Gusztáv még anyagilag is támogatta az új botanikus kert megépítését. A kert hivatalos adományozási okiratát 1787. augusztus 17-én írta alá, és letette a kert kilátójának (Orangeriet) alapkövét is.
1930-ban trópusi üvegházakkal is bővítették a kertet, majd az 1970-es években egy restaurációs program segítségével számos területét felújították, így ma már mindhárom része: az új Botanikus Kert, a Linnaeus-kert és a Linnaeus Hammarby is megcsodálható. Ma Svédország büszkesége több mint 7000 növényfajnak ad otthont. és évente több mint 100 000 látogatót vonz. „Az Orangerie hűvös részében, a Frigidariumban nemcsak a Linné-kori babérfákat találja, hanem számos más tipikus üvegházi növényt is; fügét, narancsot, olajfát, babérlevelet és százéves agávét”- olvashatjuk a botanikus kert bemutatásában. Az Orangerie ráadásul egy kiterjedt kaktuszgyűjteménynek is otthont ad, aminek legidősebb kaktusza egy Cereus hildmannianus. A feltételezések szerint ez ugyanaz a növény lehet, amit a régi botanikus kertből helyeztek át ide a 18. században, azaz még az is elképzelhető, hogy maga Carl Linnaeus is nevelhette egy ideig.
De a kert látnivalói nem állnak meg ennyiben: sétánk során megismerhetjük a konyhakert növényeit, az alpesi gyűjteményt és a szisztematikus kertet is, ami a növények közötti kapcsolatok bemutatására helyezi a hangsúlyt. Ha pedig elfáradtunk, pihenhetünk egyet a Barokk kertben, ami egészen az 1650-es évekbeli várkertig repít vissza bennünket.
